Caritas Italiana ha instaurato rapporti di cooperazione con la Caritas Mozambicana e alcune Caritas diocesane locali a partire dall'anno 2000. 

A metà marzo 2019 una vasta area tra Mozambico, Zimbabwe e Malawi è stata colpita dal ciclone Idai e appena dopo quaranta giorni da un secondo ciclone (Kenneth) nella zona settentrionale del Paese. Caritas Italiana, grazie anche ad un contributo dall'otto per mille alla Chiesa Cattolica, nel 2020 ha concluso un ampio programma di intervento in collaborazione  con le Caritas dei paesi colpiti. Gli interventi si sono conclusi nel 2022 nelle diocesi di Beira, Chimoio, Quelimane e Pemba sostenendo circa 10.000 persone con fornitura di cibo in cambio di lavoro, sementi per il riprositino dell'agricoltura, formazione, microcredito, educazione igienico-sanitaria e protezione anti covid-19. Inoltre sono state ricostruite 32 abitazioni e 4 pozzi.

 

Negli anni sono stati sostenuti diversi progetti, nel 2023 prosegue l'appoggio a un programma in favore di migranti e rimpatriati in collaborazione con la Commissione della Conferenza Episcopale del Mozambico che si occupa di migranti e rifugiati (Cemirde).